RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation，RIP ）是一種基于抗體的技術，用于定位體內的RNA-蛋白質相互作用。將所關注的RNA結合蛋白(RBP)與其結合的RNA一起進行免疫沉淀，鑒定結合轉錄RNA（mRNA、非編碼 RNA或病毒RNA），可以通過實時PCR、微陣列或測序檢測。表觀遺傳學和RNA生物學領域對不同RNA作用和功能的關注大大增加。據觀察，RNA的功能遠不止轉錄和后續的翻譯。例如，RNA-蛋白質相互作用能夠調控mRNA和非編碼RNA的功能。對RNA潛能的這一新認識帶動了新方法的發展，使研究人員能夠定位 RNA-蛋白質相互作用。RIP是一種研究單個蛋白質和 RNA 分子間物理結合的實驗方案。

實驗步驟：

1.裂解組織/細胞（使用甲醛選擇性處理細胞，體內交聯蛋白質-RNA 復合物）。

2.分離細胞核，裂解細胞核沉淀。

3.染色質片段化。

4.將所關注的 RNA 結合蛋白 (RBP) 和結合的 RNA 一起進行免疫沉淀。

5.洗去未結合的物質，純化免疫沉淀后 RBP 上結合的 RNA。

6.RNA鑒定，通過 qPCR、微陣列或測序進行。

7.結果判讀。RIP實驗通常分為三組：Input組，IgG組和目的蛋白組。分析RIP實驗結果，即檢測目的蛋白能夠結合的RNA含量，IgG組作為背景RNA含量的參照。結果分析方法為：將目的蛋白組中結合的RNA檢測值與IgG組結合的RNA檢測值相比，作為目的蛋白結合RNA的相對值。我們認為，比IgG組結合量多的即為陽性結合，與IgG組結合量無差異或結合量少的即為不結合。

注意事項：

1.在裂解細胞的時候，瞬時凍融能夠使裂解更加充分，但是多次反復凍融則會導致蛋白質和RNA的裂解。

2.實驗分組中，IgG組用來作為衡量RNA非特異結合背景含量的參考，而選擇IgG時應注意亞型要與目的蛋白抗體的亞型*一致。抗體包裹Protein-A/G時，使用的IgG濃度必須與目的蛋白抗體含量*一致。

3.在Protein-A/G清洗步驟中，充分*的洗滌非常重要，因此加入適量的尿素、SDS以提升實驗的嚴謹性。

4.實驗操作過程應在冰上進行，以防止蛋白質和RNA的降解。RNase-free的耗材的使用是需要的，避免RNA的降解。

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